Thomas Schmitz wurde in Köln geboren. Zunächst war er Schüler von Domorganist Andreas Meisner (Altenberg). Es folgte das Studium der Kirchenmusik an der Musikhochschule Stuttgart, Orgel bei Ludger Lohmann, Improvisation bei Willibald Bezler, Dirigieren bei Dieter Kurz. Künstlerisches Aufbaustudium Cembalo bei Jon Laukvik. Ausbildung zum Orgelsachverständigen. Teilnahme an etlichen Meisterkursen.

Nach beruflichen Stationen als Organist und Chorleiter in Köln, Oppenweiler (Württemberg), an der Kath. Stadtpfarrkirche Nürtingen/Neckar und als Dekanatskirchenmusiker in Freudenstadt (Schwarzwald) ist er seit 2003 Domorganist am Hohen Dom zu Münster.

Daneben intensive Konzerttätigkeit im In- und Ausland. Vielfältige Zusammenarbeit mit Spezialensembles für Alte Musik. Zahlreiche CD-Produktionen. Seit 2011 hat er zudem einen Lehrauftrag (Künstlerisches Hauptfach Orgel) an der Musikhochschule Münster inne.